主尊为药师如来，及左胁士日光菩萨与右胁士月光菩萨之合称。
其中，日光、月光二菩萨，在《灌顶经》（卷十二）中之译名为日耀、月净二菩萨。“药师如来”梵名Bhaişajya guru vaidūrya prabhārāja (药师琉璃光王），通称为药师琉璃光如来，简称为药师佛。能除生死之病，故名药师；能照三有之暗，故云琉璃光。是东方净琉璃世界的教主，率领着日光遍照与月光遍照二大菩萨等眷属，在东方净土化导众生。据《药师如来本愿功德经》所说、东方净琉璃世界纯一清净，无诸欲染，也没有三恶趣等苦恼之声。地是净琉璃所敷，城阙宫殿及诸廊宇，也都由七宝所造成。其庄严殊胜之处，恰好与阿弥陀佛西方净土，相互辉映。药师佛的弘法利生工作、系秉承成道以前所发的十二大愿而来。十二大愿中之较具体者，有“使众生饱满所欲而无乏少”、“使一切不具者诸根完具”、“除一切众生众病、令身心安乐、证得无上菩提”、“使众生解脱恶王劫贼等横难”等愿。这些誓愿的主旨，虽然也在促使众生早证菩提，但另一方面，也着重为众生求得现世的安乐。这与阿弥陀佛的偏向来生安乐者稍有不同。这也就是佛教界将药师法会视为现生者之消灾延寿法门的缘由。
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