佛教界一般将超乎常理、稀奇古怪的事物或现象称为灵异，佛教徒认为这些都是佛、菩萨所为，或以此昭示佛法无边。
五彩云气兆祥瑞
南北朝时，法门尚未建寺，还仅是一座圣冢时，其处常涌现瑞气，有时五颜六色的圣光从地下涌出，周流一方，磅礴数里，甚至于通宵更雄，达曙不散，经勘验方知这原是阿育王供养佛舍利之地。
中宗无缘开塔迎佛骨
唐中宗皇帝曾想开塔迎佛骨，但每欲临行，总是黄尘敝日，狂风大作，每每作罢，大约不到30年一开的年份。
应瑞改名法门寺
唐文宗时，塔上祥云缭绕，瑞光流溢，人们以为是瑞兆，一时改法门寺为法云寺。
洪水独不淹浴室镌器
北宋太平兴国三年(公元978年)扶风一带暴雨成灾，洪水涛天，毁稼穑、中农舍，而法门寺浴室的各处镌器却安然无恙，点滴未沾。
佛舍利重现佛诞日
1987年法门寺发掘夜以继日，直到四月底全部硬件文物运至扶风县博物馆，并开始了清理保护工作。清理檀香函内四天王函时，大家一致耐心清理，一层又一层，直到次日凌晨一时方打开最后一层包裹千年的包袱结，亮出了金塔。取掉金塔，晶莹如玉的舍利映现在人们面前，大家欣喜万分，这时天下甘霖，一如释迦牟尼佛出生时的天气。佛教徒说这是佛祖显灵。
静一监院琉璃身
法门寺迎接香港宝莲寺圣一法师一行，在佛龛前由监院静一法师主持举行庄严的祈祷法事，忽然两道金光闪现，摄影师立即抢拍，冲出胶卷一看，“人”字形红光将两位法师与其他人隔开，而且两位法师静一和圣一法师身体上重现了地砖的图案。佛教界认为两位法师修行已达到很高的境界，已入佛门，身体往往是透明状，是为琉璃体。
佛光灵验
1994年9月29日，法门寺内10万僧众诵佛之声震天动地，在“法门寺佛骨赴泰供奉澄观和尚升座大雄宝殿开光庆典仪式”即将举行前夕。各地各单位在锣鼓唢呐的欢送下，一批又一批地抬着牌匾、镜框、澄观大和尚的半身像等纷入大雄殿。这时突然天现瑞光，在法门寺真身宝塔和博物馆珍宝阁之间的天空上突然出现两层五色光环，有人喊“佛光显灵”，这时诵经声、锣鼓唢呐声混作一起，一浪高过一浪。
无独有偶，1988年11月9日法门寺博物馆对外正式开放，法门寺举行盛大的释迦牟尼如来真身舍利瞻礼法会，来自世界各地的十万僧众云集法门，参加这一盛典，人们竞相瞻礼埋藏地下达1113年的真身和大批唐代珍宝，正如赵朴初会长在开幕式上所说，这是法门寺继咸通迎佛骨以来又一重大的活动。当天晚上，僧尼两序在新建的仿明真身宝塔内举行盛大的礼佛诵经仪式，突然之间，第三枚佛骨的灵光涌腾而起，霏霏上升，在水晶棺上空的17公分处瞬间放光，持续数秒，摄影师拍下了这一千古奇观。
