相传宝光寺始建于东汉。根据终南山道定量律师撰《集神漩塔寺三宝感通录》记:隋代,蜀王杨秀在此掘地,得大石,知诜禅师遂于石上建九级森林塔。是时,每有旱涝,官民于此礼拜祈雨,轧有灵应,故寺名"在石",塔名"福感"。唐末黄巢起义时,僖宗奔蜀,于寺建行宫驻蹲。僖宗夜见霞光出地,召随驾高僧知玄问法。玄谓地下必有舍利。帝命掘之,果得一石函,内藏舍利十三粒,晶莹明澈。僖宗遂敕玄监修砖塔十三级,取"无垢舍利塔",赐寺名"宝光"。寺内宝物:宝光寺舍利铜鼎千佛碑陶塔、龙虎瓶均窑瓶鹦鹉图五马图徐悲鸿《奔马》图等珍贵文物。
唐会昌五年(845),唐武宗李炎下令拆毁天下大寺4千6百余所,小寺4万余所,宝光寺难免劫难,宝光塔也被摧毁。唐大中元年(847),宝光寺得以恢复,但宝光塔尚未重修。
唐广明元年十二月初五日(即公元881年元月8日),黄巢起义军攻破长安,唐僖宗李儇在五百神策军的保护下南逃入蜀。中和元年五月(881年7月)僖宗路经新都,曾“驻跸”于宝光寺。后来,他觉得这里环境很好,又距成都不远,便在寺后修建行宫(行宫露台的两个柱础现存于七佛殿前廊柱下)。唐僖宗平生崇信佛教,到了成都,他立即派郭尊泰捧着皇帝的“玺书”,迎请隐居在彭州九陇山的高僧知玄(即悟达国师)到僖宗驾前随行。
宋代,中国佛教禅宗临济宗第十一代祖师佛果克勤(宋高宗赐号圆悟国师)开法于成都昭觉寺。大观三年(1109)又住持宝光寺,并拓展寺庙规模,请宋徽宗敕赐宝光寺名大觉寺。据清道光碑刻《宝光禅院创建重修端末记》称:“宋圆悟禅师修持说法,接众数千”。使此寺进入了宋代的极盛时期。
元代,寺庙一度残破。明初,石子美等人捐资培修,复名宝光寺。永乐十一年(1413),心空和尚在寺内建造尊胜陀罗尼咒石经幢,后来寺庙毁于火灾。明正德年间(1506枣1521),宝光寺经当朝首辅大学士杨廷和与翰林院修撰、新都状元杨升庵父子二人捐修,殿宇备极宏丽。
宝光寺在明末清初的战乱中遭到毁损。清唐熙九年(1670),四川梁山县双桂堂破山和尚派他的弟子笑宗印密禅师来到宝光寺,新都县知县毕成英及地方缙绅的支持下,剪荆伐棘,重兴道场,被称为清代宝光寺中兴第一代老和尚。从康熙到光绪的两百多年间,由于不断培修扩建,宝光寺一跃而起,与成都文殊院、昭觉寺、草堂寺并列为成都附近的“四大精蓝”。与成都文殊院,镇江金山寺、扬州高旻寺并列为长江流域的“四大丛林”,即所谓“上有文殊、宝光,下有金山、高旻”是也。
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